马刺双塔（1997年-2003年）
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1996-97年赛季，马刺的核心球员大卫·罗宾逊因伤缺阵，加上另两名主力也高挂免战牌，球队只有20胜62负的恶劣成绩[11]。马刺在1997年得到了选秀状元签，遂在1997年NBA选秀中选进大物新秀邓肯。
1997-1998赛季
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邓肯在第一个NBA例行赛已有突出表现，他的场均得分达21.1分，并获得同年的NBA最佳新秀。
1998-1999赛季
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在缩短的1998-1999 NBA赛季，邓肯和大卫·罗宾逊组成“双塔”顺利替马刺赢得球队创立以来第一个NBA总冠军，他亦获得NBA总决赛最有价值球员。
1999-2000赛季
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邓肯因半月板伤势缺席季后赛，马刺队则于第一轮遭凤凰城太阳淘汰。
2000-2001赛季
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在对湖人OK连线时不敌湖人可怕的火力，于西岸半决赛出局。
2001-2002赛季
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在2001-2002 NBA赛季，邓肯首次获得NBA常规赛最有价值球员。
2002-2003赛季
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在2002-03 NBA赛季，邓肯再次获得NBA最有价值球员。同年邓肯在灌篮杂志颁发的NBA最佳的75名球员奖排名第55。在这年，邓肯带领圣安东尼奥马刺再次进入NBA总决赛，最终以4:2击败新泽西网再次获得NBA总冠军，邓肯再次获得NBA总决赛最有价值球员。其后，他和罗宾逊同时获得体育画报颁发的最佳篮球球员称号。他的得分、阻攻、助攻和篮板在季后赛的表现都比常规赛为佳。在2003年NBA总决赛的最后一场，邓肯几乎做出四双，获得21分、20个篮板、10个助攻和8个阻攻。
马刺的领导者（2003年-2013年）
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2003-2004赛季
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在2004年NBA季后赛，马刺队在第二轮遇到洛杉矶湖人队，在关键的第五场被费舍尔完场前0.4秒出手绝杀。最终以4-2被淘汰，无缘进入NBA总决赛。
2004-2005赛季
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在2005年，马刺队再次进入NBA总决赛，在第七场，邓肯取得25分和11个篮板，成功带领圣安东尼奥马刺队以4比3击败底特律活塞队，他亦第三度成为NBA总决赛最有价值球员。 邓肯是NBA历史上第四个取得NBA总决赛最有价值球员三次或以上的球员，其他的有迈克尔·乔丹、沙奎尔·奥尼尔和埃尔文·约翰逊。
2005-2006赛季
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2006年，邓肯率领马刺一路杀进西部半决赛。半决赛中遭遇达拉斯小牛队，双方大战七场比赛。但在关键的第七场第四节的最后时刻，吉诺比利在马刺队领先3分的情况下贸然的试图对诺维斯基的上篮封盖，造成后者成功打成2+1。在随后的加时赛中马刺由于体力不支败下阵来，这次失利也是马刺距离卫冕最近的一次机会。本年度邓肯获得的荣誉为联盟最佳阵容第二阵容、最佳防守第二阵容、全明星首发阵容。
2006-2007赛季
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2007年赛季，邓肯每场平均有20.0分、10.6篮板、3.4助攻和2.4阻攻[3]，马刺在季后赛第一轮4比1击败丹佛金块队、第二轮4比2击败凤凰城太阳、第三轮4比1击败犹他爵士进入总冠军赛，马刺队在总决赛中以横扫姿态击败克里夫兰骑士队[12]，队史第四度夺得总冠军，邓肯亦夺得个人生涯第四枚冠军指环。
2007-2008赛季
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2008年赛季，马刺队以56胜26负的战绩排在西区第三种子，仅次于洛杉矶湖人与纽奥良黄蜂，而马刺在度以卫冕冠军身分杀入季后赛。第一轮面对到有欧尼尔加盟的凤凰城太阳，邓肯虽然在攻守上有了些限制，第一轮第一战却拿下惊人的40分、并在第一节延长赛的投进追平的三分球[13]。最终马刺以四比一淘汰了凤凰城太阳进入第二轮。在第二轮面对到黄蜂，邓肯在第一战仅拿下5分3篮板，是生涯季后赛最差的成绩[14]，马刺输了一、二战，在历史上，马刺从没在0比2的劣势上逆转成功，但马刺却随即赢了第三、四、六、七战，打破纪录，前进西区决赛。不过最终仍不敌第一种子的湖人队，又一次无法卫冕成功。
2008-2009赛季
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Duncan, 2009
这个赛季中，邓肯总共打了75场比赛，场均上场33.6分钟，并能得到19.3分、10.7篮板、3.5助攻和1.7盖帽。他被选入这一年的全明星赛首发阵容，并入选该赛季的最佳第二阵容、最佳防守第二阵容。邓肯帮助马刺队以西部第四号种子的身份进入季后赛，但是马刺队在首轮就被达拉斯独行侠队以4:1的比分淘汰。
2009-2010赛季
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这个赛季中，邓肯帮助马刺以西部第七种子的身份，再次进入季后赛，首轮4:2击败上季第一轮淘汰他们的达拉斯小牛，报了一箭之仇；但第二轮却因为无法施展骇客战术，加上挡不住凤凰城太阳的猛烈炮火，最终遭直落4剃光头。
2010-2011赛季
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这个赛季中，邓肯帮助马刺队以西部第一种子的身份，再次进入季后赛，首轮碰上第八种子的曼斐斯灰熊队，最后2-4的比分被灰熊队上演老八传奇，也让马刺止步于首轮，未能挺进下一轮。
2011-2012赛季
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这个赛季中，邓肯带领的马刺队再次以西区第一种子的身分，进入季后赛，尽管本赛季因劳资纠纷仅打66场，但马刺依旧夺得了50场胜利，从而连续13年胜场50+，创造NBA新纪录。首轮对上犹他爵士，结果4:0横扫对手，第二轮碰到洛杉矶快艇，又一次4:0横扫对手，西区冠军赛碰上俄克拉荷马城雷霆，马刺原本2:0领先，不料最后被雷霆4连胜，没办法进入总冠军赛。
2012-2013赛季
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本赛季邓肯再度率领马刺获得58胜24负成绩，不仅以西区第二种子身份进入季后赛，更把连续50胜赛季的记录刷新至14年。邓肯也以中锋身份时隔6年再度入选年度最佳阵容第一队，值得一提的是，37岁的他成为史上入选第一阵容年龄第二老的球员，仅次于38岁入选的贾巴尔，同时37岁还能场均抓下10篮板的除了邓肯也只有1989-1990赛季的罗伯特·帕里什了。
2013年3月22日，104比97击败爵士，邓肯抢下16个篮板球，职业生涯常规赛一共抢到13113个篮板球，超过奥尼尔的13099个，跃居NBA历史排行榜第13位。
2013年4月15日，在对阵湖人的比赛中，邓肯得到23分，这使得他的生涯总得分达到23768分，超越名宿查尔斯·巴克利（23757分），升至NBA历史第22位。
2013年5月26日，季后赛第二轮，圣安东尼奥马刺对曼菲斯灰熊，取得24分、10篮板、2阻攻，生涯季后赛第144场“双十”，超越威尔特·张伯伦，为NBA史上第二（第一名为魔术强森，157次）。他也达成季后赛个人第500次阻攻，NBA史上第一。
2013年6月20日，马刺88-95惜败给热火，以3-4的总比分丢掉总冠军，尽管邓肯奋力砍下24分12篮板4抄截，但错失关键球。这是同样是邓肯时隔7年再度率队晋级总决赛，也是他职业生涯第一次输掉总决赛。
不老的传说（2013年至2016年）
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2013-2014赛季
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在夏季休赛期，马刺队做了一些调整。尼尔和布莱尔因为合同到期而离开了圣安东尼奥，麦蒂也因为没有得到总冠军而退役。签下意大利三分好手-贝里内利和大个子前锋-艾尔斯来弥补那些空缺。
2013年12月3日，37岁221天的邓肯在战胜老鹰队的比赛中得到了23分21篮板，比赛最后0.4秒，邓肯命中了一记绝杀，成为历史上年纪最大的双20获得者。同时，创造了不老的传说。
2014年4月1日，在对阵步行者的比赛中，邓肯得到9分，生涯总得分达到24817分，超越帕特里克-尤因升至NBA历史第19位。
从2014年2月27日到2014年4月3日期间，邓肯带领马刺队取得了19连胜，创造队史最长的连胜纪录。
在主教练波波维奇的执教下，常规赛结束后的成绩为62胜20负，表现得出奇的好，亦将连续50胜赛季的记录刷新至15年。
2014年5月11日，邓肯在开拓者战胜的系列赛第三场拿到19分，并以此超越了卡尔·马龙，成为了联盟季后赛得分榜上的第五人。5月12日，圣安东尼奥马刺对波特兰拓荒者第四战，邓肯取得12分9个篮板2个助攻，生涯季后赛累计4788分、2614篮板与701助攻。继贾霸之后，成为NBA史上第2位生涯季后赛达4000分、2000篮板与700助攻的球员。
邓肯在季后赛，首轮艰难的以4比3战胜刚进入季后赛的小牛队，随后又在西部半决赛以4比1击败阿尔德里奇所带领的开拓者队。西部决赛再一次遇上了2年前的对手-俄克拉荷马雷霆，4比2淘汰雷霆，报下了两年前在西部决赛两场领先的情况下被逆转的仇。总冠军赛，除了第二战输2分，其他场都以15+的分数赢球，最后以4-1报了2013的一箭之仇，夺得第五个总冠军。
2014-2015赛季
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全队遇上伤病纠缠，在例行赛最后一天败给纽奥良鹈鹕，从西区第二掉到第六；首轮殊死战最后关头被保罗打板绝杀，以3:4被第三种子快艇淘汰出局。在暑假签下前拓荒者大前锋阿尔德里奇，邓肯宣布回归。
2015-2016赛季
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2015年11月3日马刺作客以94比84战胜尼克，拿下此胜，邓肯正式超越爵士名将史坦克顿生涯胜场953场，成为NBA在单一球队效力所达成的胜场数最多的球员。
2015年11月15日马刺主场迎战七六人，邓肯拿下15分，4篮板，5盖帽；生涯阻攻数2955，正式超越前队友大卫·罗宾逊的阻攻纪录。
2016年2月28日马刺作客火箭，邓肯拿下6分、6篮板、6助攻、1盖帽；第五位达成3000阻攻纪录，是现役最高盖帽纪录，也成为史上第三位达成25000分、14000篮板、3000盖帽的球员，前两位是贾巴尔和奥拉朱旺。
2016年3月11日马刺主场迎战公牛，邓肯拿下7分、3篮板、4助攻、2抢断；NBA史上第六位达成15000篮板纪录，也成为史上第二位达成25000分、15000篮板、3000盖帽的球员，前一位是贾巴尔。
2016年3月16日马刺主场迎战快船，所幸第四节板凳军团完成逆袭打出37比17分，拉开差距，最终以108比87赢得比赛。邓肯拿下6分、7篮板、2助攻，生涯总得分累积26,399，正式超越前凯尔特人名宿约翰·哈夫利切克总得分26,395，升至NBA生涯总得分第14名。
2016年4月5日马刺客场挑战爵士，以88比86惊险过关；邓肯赢得此胜，在NBA创下新纪录，在单一球队效力赢得千胜的球员；与波波维奇联手的第1000胜。
2016年7月11日正式宣布退役。
马刺宣布2016年12月18日，正式退役邓肯的背号。成为马刺队史第八位获得退休背号的球员。