流程
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FC日版游戏在每个场景开始前会出现一张简略地图提示目前所处位置，在玩家损失全部生命而选择接关时，也将自动从该场景起始处重新开始。
遊戲分8個场景：密林地帶、敵方基地1、瀑布、敵方基地2、冰天雪地、能量地帶、仓库、異形巢穴。第2、4关敌方基地为特殊的背后仿3D视角，操作规则略有不同；第3关瀑布为縱向捲軸；其余各场景为橫向捲軸。
在全部通过8个场景后，可看到主角所搭乘的直升飞机脱离爆炸中的岛屿，在日版中，之前另外追加了主角进入飞机的画面，而直升机上有明确的美国星条旗。通关后将再次从第一个场景开始。
(如果在前期有輸入密技在最後會看到紅色神鷹的信 大意是會再回來入侵地球)
操作
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FC版魂斗罗的游戏画面
玩家在开始时持有普通冲锋枪，可以向八个方向发射，但是在得到强化武器之后会换用其他武器。玩家可以跳跃并在跳跃时用方向键控制移动和开火的方向，而且跳跃时的方向控制在游戏进程中十分重要。和敌人及其发射的子弹的直接接触会造成玩家的死亡，但是他们经常充满整个屏幕，并且往各个方向移动，所以回避它们需要一些技巧。游戏中不时会有橄榄形飞行物出现，将其击破可以出现强化武器，获得这些强化可以增加武器的发射速度、伤害力和发射角度，但是它们在玩家的死亡之后不会被继承。
下面列出的是原始版中的各种强化，在游戏中以标有一个字母的红色鹰表示。括号中是游戏中使用的代号：
機關枪(M)：发射频率快，按住武器发射按钮可自动连续发射。
霰彈枪(S)：一次向五个角度发射子弹，攻擊範圍寬廣，可說是泛用性最高的彈種。(快速連發聚集在中間 是速通常用技巧)
雷射枪(L)：具有穿透能力，單發攻擊力最強的武器。(快速連發會卡在槍頭)
火球枪(F)：发射圈狀移動的子弹，威力尚可但用途少。
快速发射(R)：发射频率增加，（可以和其他武器叠加生效）。
无敌(B)：在一段时间内让玩家无敌，此时玩家的颜色不断闪烁，自动消灭任何撞中自己的敌人。但是中途掉落悬崖仍會死亡。
瞬间清空（金色閃鷹无字母）：一瞬间令画面内所有敌人全灭，包括了士兵跟機械砲塔。
游戏支持两个玩家同时进行游戏，在第三关，两个玩家需要协调行动以避免一个玩家跳跃时，另一个被拉出屏幕（这是致命的）。游戏的节奏很快，而且初始生命数只有3，通过得分获得的奖励生命比较少，所以通关需要熟练的技巧。玩家可以通过秘技来增加初始生命数，或者在一些版本中选择初始生命数和游戏难度。游戏也以游戏场景的末尾的占据大半屏幕的大型敌人著称。